После событий прошлой части фильма прошло уже некоторое время. Теперь Тор занят тем, что наводит порядок в Девяти мирах. Локи же по-прежнему сидит в тюрьме, закованный в кандалы. Единственный человек, который его навещает, - его мать.
В это же время на Земле уже известная нам Джейн Фостер сталкивается с необъяснимой аномалией, при которой вещи внезапно пропадают в пространстве и так же внезапно появляются. Джейн как истинный ученый пытается попасть в аномалию, но оказывается рядом с Эфиром, который сразу же в нее проникает.
Тор, который уже давно наблюдает за Джейн, увидев, что Эфир проник в ее тело и угрожает жизни Джейн, спускается за девушкой на Землю и забирает ее в Асгард, где Фригга о ней заботится.
Теперь Тору, Джейн и их друзьям предстоит противостоять Малекиту, который хочет использовать Эфир для воплощения своих коварных планов в жизнь - захватить не только Землю, но и все Девять миров, которые находятся под покровительством Тора. И помогут им в этом пространственные аномалии,ведь остается не так много времени дотого момента, как Девять миров сойдутся в одной точке и Малекит сможет через нее направить энергию эфира для возрождения мира Темных Эльфов.