Прошло полгода с момента событий, описанных в первом фильме. До повстанцев доходят ужасные вести: машины намерены добраться до Зиона – единственного города людей, сохранившегося в глубинах Земли. Все корабли получают приказ вернуться в город, чтобы организовать его оборону. Однако Морфеус, возглавляющий экипаж корабля «Навуходоносор», посмел ослушаться приказа, будучи уверенным в том, что после встречи Нео с оракулом по имени Пифия у повстанцев будет больше шансов на победу.
Тем временем сам Нео всё чаще видит сны, в которых его возлюбленная Тринити погибает. Чтобы разобраться, в чем же дело, он отправляется к Пифии, которая рассказывает, что также является программой. Она противодействует Матрице, поскольку не желает, чтобы её стирали. Оракул сообщает Нео, что одержать победу в войне с машинами людям удастся в случае, если он сможет пробраться в Главный Компьютер. Сделать это удастся при помощи Мастера Ключей, который является пленником очень древней и опасной программы Меровинген. В этот самый момент Пифия предупреждает Нео об опасности, утверждая, что ему необходимо срочно покинуть это место. Главный герой не успевает этого сделать, и встречается с агентом Смиттом, которого, как полагал, уничтожил в конце прошлого фильма. Их противостояние продолжится, при этом Нео нужно будет успеть выполнить инструкции оракула. Чем в итоге завершится эта история? Если хотите узнать, тогда обязательно смотрите в нашем онлайн кинотеатре фильм «Матрица: Перезагрузка».