Фильм «Иуда» - альтернативная история об отношениях Иисуса Христа с его учениками. Авторы кинокартины, снятой по мотивам повести Леонила Андреева, трактуют события далёкой истории с другой, неизвестной стороны. Фильм показывает обратную сторону жизни Иуды Искариота, известного сегодня в качестве апостола-предателя. Авторы попытались дать собственный ответ на вопрос: почему в действительности Иуда решил предать своего учителя?
Изначально знакомство Иуды с Христом было не безоблачным - будучи опытным вором, Искариот обратил внимание на Иисуса и его апостолов, которые собирали пожертвования. Он решил их ограбить, но сделать это тайно ему не удалось - его обнаружили с поличным. Однако на удивление Иуды он был прощен Иисусом. Более того, пророк даже предложил ему присоединиться к его апостолам. Вор был потрясен таким поступком, и поэтому решил остаться с Христом, чтобы лучше его узнать.
Со временем Иуда начинает понимать, что ученики Иисуса следуют за ним слепо, не задавая лишних вопросов. Сам же главный герой таким не был и, не смотря на то, что чувствовал в Христе нечто действительно высокое, он постоянно вступал в споры со своим учителем. Иуда пытался ему доказать, что вполне способен самостоятельно осознать силу Бога. Постепенно он не находит понимания и делает вывод – ученью Христа не просуществовать долго, а значит оно не сможет принести человечеству пользу, если не предпринять мер…