Спустя двадцать лет, в самый разгар холодной войны советские военные тайно отправляются на суперсекретную базу в штате Невада, ту самую "Зону 51". А руководит ими полусумасшедшая украинская ученая и по совместительству агент КГБ Ирина. Задача секретной миссии – найти секретный ящик с останками некоего существа. И для этого Ирина привозит с собой захваченного в плен археолога Индиану Джонса, ведь тот участвовал в изучении катастрофы, случившейся в "Зоне 51" много лет назад.
Индиана, разумеется, находит таинственный ящик и пока ученые и солдаты КГБ отвлекаются, сбегает, но заблудившись, попадает в зону ядерных испытаний. Ему чудом удается пережить взрыв атомной бомбы и скрыться от преследователей в пустыне.
С этого момента Джонс становится мишенью для ФБР, ведь его теперь подозревают как минимум в шпионаже в пользу СССР.
В колледже, где Индиана вполне успешно преподавал почти тридцать лет, ему предлагают уволиться по собственному желанию. Археолог решает уехать куда-нибудь в тихое укромное место, но прошлое не оставляет его в покое.
Неожиданно прямо во время отъезда к нему пристает местный парень, сорви-голова Мэтт Уильямс, рассказывая странную историю о исчезновении близкого друга Джонса, профессора Гарольда Оксли. У Мэтта есть письмо с иероглифами от самого Оксли, и Джонсу приходится отправиться на поиски старого друга и новых артефактов, по дороге узнавая новые интересные факты из своей собственной жизни...