Прошло 200 лет и на военно-исследовательском космическом корабле "Аурига" после многих неудачных попыток ученые Компании наконец все же смогли создать клон Эллен Рипли. Результат превзошел все ожидания. Новая Рипли позаимствовала у Чужих скорость, ловкость и выносливость, а кислота в ее крови могла растворять даже металл. При этом она обладала одним отменным качеством - она абсолютно ничего не помнила о прошлой жизни, только на подсознательном уровне сохранив ненависть к Чужим.
Вместе с тем на корабле были выведены из останков инопланетян и те самые паразиты-лицехваты, которые внедряли семена в живых носителей. Оставалось дело за малым - найти и перехватить какой-нибудь безобидный космический корабль, чтобы беспечно спящих в анабиозе людей использовать в качестве инкубаторов для нового оружия. С этим блестяще справилась команда наемников-авантюристов, захватив шлюпку с шахтерами и продав тела ученым.
Вырастив целую армию Чужих и пытаясь их приручить, как каких-то подопытных животных, военные не учли, что паразиты, восстановленные с помощью человеческой ДНК, изрядно поумнели. Теперь Чужие вырвались на свободу, а "Аурига", введенная в аварийный режим, летит обратно на Землю, и только Рипли в силах остановить новый вид ксеноморфов.