Эллен Рипли удалось уничтожить остатки инопланетных паразитов в колонии на LV-426 и вместе со спасенной ею последней оставшейся в живых девочкой Ребеккой улететь с планеты. Но во время перелета на спасательной капсуле случился пожар и Рипли вместе с выжившими вынуждены были приземлиться на отдаленной планете-колонии, где отбывали свой срок самые злобные и кровожадные заключенные.
Во время крушения шлюпки Ребекка погибла и Рипли, обнаружившая в обломках следы кислоты Чужого, заставила местного врача произвести вскрытие тела ребенка, а сама подключила остатки сломанного робота из шлюпки к компьютеру тюрьмы. Вскрытие не принесло положительных результатов, но робот рассказал, что Чужой действительно был на спасательном корабле и что Компания знает об этом, а спасательный корабль уже отправлен с Земли, чтобы эвакуировать ее.
Между тем Чужой, набравшись сил, начинает охоту за жителями тюрьмы. Убивая одного за другим как охранников, так и заключенных, паразит по какой-то неизвестной причине обходит стороной и не трогает саму Рипли. Та наконец начинает понимать, что Компания выслала корабль вовсе не за ней, а за тем, что таится теперь где-то глубоко внутри нее.